Kêu gọi năm 2007 tổ chức một "hội nghị Diên Hồng hiện đại" bàn về những vấn đề có thể ảnh hưởng tốt hoặc xấu đến vận mệnh đất nước trong thế kỷ này "để dân tộc vươn ra biển lớn".[18]

Ông thường xuyên viết các bài bình luận thời sự được đăng tải trên báo chí trong và ngoài nước.

Trong một bài viết năm 2006, ông nói về chủ nghĩa đa nguyên: "Đa nguyên không đáng ngại, mà trái lại rất cần thiết nếu biết điều tiết thích hợp". "Đa nguyên là động lực của sự phát triển, điều đó miễn bàn cãi."[4]

Ông cũng nói một mô hình mới của nền chính trị đa nguyên với vai trò chính trị của Đảng Cộng sản "chắc chắn sẽ tạo sức bật mạnh mẽ đưa đất nước vào cuộc tranh đua thành cường quốc kinh tế trong khu vực, chữa được quốc nạn tham nhũng và rửa được quốc nhục nghèo hèn".[4]Vào tháng 9 năm 2007, ông có bài "Học thuyết Nhà nước pháp quyền Xã hội chủ nghĩa" đăng trên báo Tia Sáng bàn về sự khó xử của đại biểu quốc hội khi khả năng xảy ra mâu thuẫn giữa nguyện vọng của nhân dân và chủ trương, chính sách của Đảng; sự khó xử của thẩm phán khi có mâu thuẫn giữa quy định của Đảng với Hiến pháp và pháp luật; sự không rạch ròi về phạm vi của Đảng trong vai trò lãnh đạo và quản lý khi trực tiếp quyết định hoặc chỉ cho ý kiến định hướng hoặc chủ trương trong các vấn đề của đất nước; cuối cùng, ông cho rằng cần tu chính Hiến pháp để mối quan hệ giữa Đảng với Nhà nước khỏi vi hiến.[19]

Năm 2008, ông đã có bài viết "Nhập cuộc của trí thức" đăng trên Báo Tia Sáng của Bộ Khoa học và Công nghệ Việt Nam bàn về nghị quyết về xây dựng đội ngũ trí thức của Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương Đảng lần thứ 7. Ông cho rằng phải thừa nhận một sự thật, từ năm 1945 đến nay, những trí thức dấn thân cho đất nước ở từng giai đoạn lịch sử khác nhau chưa bao giờ sống được bằng đồng lương và một số người còn bị "bạc đãi vì nhân cách và lương tri" trong khi các trí thức quan chức lại "chưa bao giờ được xã hội kính trọng" vì học thuật và bản lĩnh của họ. Ông cho rằng trí thức với năng lực phân tích khoa học, nhìn mọi vấn đề từ nhiều góc cạnh khác nhau, sẽ giúp nhà cầm quyền hiểu hơn về tác động kinh tế, chính trị, xã hội từ chính sách dự định ban hành, nhưng hiện nay, trí thức đóng vai trò tư vấn và phản biện rất dễ bị quy chụp thành kiến. Theo ông trí thức không chỉ đóng vai trò ngoài cuộc, là tư vấn và phản biện, mà phải "dấn thân" vào vai trò quản trị và lãnh đạo quốc gia thông qua một quy trình sàng lọc dân chủ, thì khi đó nghị quyết của đảng về xây dựng đội ngũ trí thức mới thật sự có ý nghĩa.[20]

Tháng 3 năm 2009, trong bài "4 giải pháp chống tham nhũng" đăng trên báo Tia Sáng ông cho rằng các biện pháp nhà nước đã ban hành nhằm chống tham nhũng chỉ mang tính hình thức nhiều hơn thực chất, không đảm bảo sự hiệu quả khi thực thi. Ông kêu gọi một cuộc cách mạng thật sự để chống tham nhũng vì theo ông, tình hình trong năm 2009 rất quan trọng đối với sự phát triển của đất nước. Ông đề ra 4 giải pháp như sau: từ bỏ cơ chế xin cho, cấp phép vì đó là gốc rễ của tham nhũng, tư pháp độc lập và chuyên nghiệp vì đó là công cụ trừng trị tham nhũng công minh và hiệu quả, người dân có quyền khởi kiện (tạm thời thông qua tòa hành chính và lý tưởng là trước Tòa Bảo hiến) các văn bản pháp quy để cơ quan công quyền thận trọng khi ban hành văn bản vi phạm quyền lợi hợp pháp của dân, cuối cùng là quyền được tự do thông tin của người dân thông qua báo chí và truyền thông.[21]

Theo cáo buộc của cơ quan an ninh Việt Nam, khi bắt khẩn cấp, đã có chứng cứ dựa trên những tài liệu của luật sư Lê Công Định, do Trung tâm Điện toán - Truyền số liệu khu vực 2 cung cấp:[22]

• Từ năm 2005, luật sư Lê Công Định đã liên lạc với Nguyễn Sỹ Bình của Đảng Nhân dân Hành động tại Mỹ và Đảng Dân chủ Việt Nam Thế kỷ 21[2] bí danh "chị hai". Luật sư Định là thành viên của nhóm nhằm hoạt động với mục tiêu lật đổ chế độ Cộng sản tại Việt Nam bằng phương thức lập hai đảng đối lập có tên "Đảng lao động" và "Đảng xã hội" để tập hợp lực lượng, đánh từ ngoài vào trong để gây rối loạn lớn ở Việt Nam.[2]
• Với bí danh "chị Tư", Lê Công Định được phân nhiệm vụ phụ trách cải cách hành chính, tư vấn pháp luật cho các đối tượng chống đối trong nước: Nguyễn Văn Đài ở Hà Nội, Nguyễn Văn Hải (Hải "Điếu cày"), Nguyễn Tiến Trung ở Thành phố Hồ Chí Minh, biên soạn hàng chục tài liệu, phát tán trên các đài, báo và trang web thù địch với Nhà nước Việt Nam ở nước ngoài, xuyên tạc đường lối, chính sách, pháp luật của Đảng, Nhà nước Việt Nam và kêu gọi thay đổi chế độ, lợi dụng vấn đề bô-xít Tây Nguyên, Trường Sa - Hoàng Sa để kích động tư tưởng chống đối Đảng Công sản và Nhà nước Việt Nam.[2]
• Lê Công Định cũng tham gia bàn bạc trong loạt tài liệu do Trần Huỳnh Duy Thức (đã bị bắt ngày 24/5 vừa qua) biên soạn với nội dung bôi nhọ Thủ tướng và một số lãnh đạo của Việt Nam.[2]
• Luật sư Lê Công Định đã biến việc bào chữa cho Nguyễn Văn Đài, Lê Thị Công Nhân, Nguyễn Văn Hải thành diễn đàn tuyên truyền chống chế độ, xuyên tạc Hiến pháp, pháp luật, lên án chính quyền Việt Nam vi phạm dân chủ, nhân quyền.[2]
• Luật sư Lê Công Định đã nhiều lần sang Mỹ, Thái Lan, gặp Nguyễn Sỹ Bình bàn bạc, đánh giá những vấn đề kinh tế, chính trị của Việt Nam và đề ra kế hoạch hoạt động chuẩn bị cho thời điểm Việt Nam xảy ra "biến động chính trị" vào năm 2010. Đã trực tiếp tham gia biên soạn cuốn sách mang tính chất cương lĩnh hành động của nhóm với tựa đề Con đường Việt Nam và soạn thảo Tân Hiến pháp cho Việt Nam[2]. Bản thảo Tân Hiến pháp gồm 9 chương, 106 điều, dài 112 trang.[23]
• Luật sư Lê Công Định có quan hệ chặt chẽ với một số đối tượng cầm đầu, cốt cán của các tổ chức phản động lưu vong, như Hà Đông Xuyến (Việt Tân), Phạm Nam Định (nhóm "Họp mặt dân chủ"), Đoàn Viết Hoạt (nhóm "Viễn tượng Việt Nam"). Luật sư Lê Công Định được chấm chọn ra nước ngoài tham gia huấn luyện về phương thức "đấu tranh bất bạo động" để làm nòng cốt cho "phong trào dân chủ" trong nước.[2]
• Luật sư Lê Công Định có các bí danh Nguyên Kha, Paul, C4 (Chị Tư).[24]